Судное дело о патриархе Никоне, послужившее материалом для настоящего тома, напечатано в том виде, в каком оно хранится ныне в Московской синодальной, бывшей Патриаршей, библиотеке. Подлинник его состоит из 12-ти столбцов различных размеров и одной тетради.
     Это судное дело, первоначально хранившееся в Приказе тайных дел, неоднократно описывалось и приводилось в порядок.
     По указу царя Алексея Михайловича, от 5-го октября 1660 года, дела об отречении Никона от патриаршего престола были переданы в Посольский приказ думному дьяку Алмазу Иванову, по описи, подлинник которой хранится в Московском главном архиве Министерства иностранных дел. В настоящем томе подобная же опись, составленная под наблюдением дьяка Алмаза Иванова и им скрепленная, напечатана под № 114. 5-го октября 1666 года часть переданных в Посольский приказ дел была доставлена на собор в Патриаршую крестовую палату.
     В марте 1697 года составлена была опись столбцам патриаршего разряда, в которой, между прочим, сказано: «Те записанные дела подлинные и списки и вчерне писанные были в розни, а ныне в столпы снесены для скорого приискания и ведения, и описаны по столпам, которые были прилучаи и действа со 161 года по 187 год о святейшем Никоне патриархе и о иных архиереях». Всех столбцов было 22, но собственно к делу патриарха Никона относились только первые 5 столбцов; кроме того, в 14-м столбце заключалось «изложение вселенских патриархов Паисия и Макария о поставлении, на место Никона-патриарха, архимандрита Троицко-Сергиева монастыря Иоасафа» (в настоящем издании см. № 85). В 16-м столбце были помещены извет греческого дьякона Агафангела на Газского митрополита Паисия и сыски против сего извета. Опись эта напечатана в V-м томе Актов исторических (№ 263), под наблюдением члена Археографической комиссии М.А. Коркунова, со скорописной и четкой тетрадки подлинника, принадлежащей П.М. Строеву.
     В 1710 году, февраля 24-го, царь Петр Великий повелел графу Никите Моисеевичу Зотову разобрать и переписать в Ближней канцелярии дела Тайного приказа, хранившиеся в Печатном приказе, и отправить их в Ближнюю походную канцелярию. В ноябре 1713 года Зотов исполнил возложенное на него поручение, но, тем не менее, дела тайного приказа, между которыми находилась часть судного дела о патриархе Никоне, были оставлены в Ближней канцелярии царской, в Москве, «впред до указа»; но когда именно последовал указ об отправлении дел Тайного приказа в Петербург - из дел не видно. Известно только, что в 1715 году, декабря 13-го, граф Зотов докладывал царю Петру I в С.-Петербурге о произведенном разборе дел тайного приказа. В 1835 году эти дела, между которыми находилась часть дела о патриархе Никоне, поступили в Государственный архив из Сенатского архива, который вместе с Государственным архивом старых дел помещался в подвалах 12 коллегий, и по случаю бывшего в 1824 году наводнения очень пострадал. Образованная под председательством сенатора Маврина особая комиссия для разбора дел Сенатского архива, которых было около миллиона, окончили свои занятия только в 1835 году, причем оказалось, что некоторые дела настолько пострадали от сырости, что невозможно было разобрать их содержания, и они не могли поэтому быть помещены в новый Государственный архив.
     Составленная, по приказанию Зотова, опись делам Тайного приказа, напечатана В.И. Ламанским во II томе записок Отделения русской и славянской археологии императорского русского археологического общества. Там же помещен довольно подробный перечень дел, относящихся собственно к Никону. Значительная часть судного дела осталась на хранении в Московской патриаршей библиотеке.